在蛋白质设计领域，华盛顿大学大卫・贝克团队一直处在研究前列，其开发的RFdiffusion系列模型是生物分子结构预测的里程碑式工具。近期，该团队推出了性能更强的RFdiffusion2增强版、并开源了功能更全面的RFdiffusion3模型，这两款模型均取得了重大突破。

首先，RFdiffusion2增强版在合成酶设计上取得了质的飞跃。相关成果于2025年12月3日发表在《自然》杂志。该模型成功攻克了41项高难度酶设计挑战，远超旧版的16项，其设计的合成酶性能已接近天然酶。研究团队利用该模型成功创造出可用于污染物降解的金属水解酶。

另一项突破是于11月19日正式开源的RFdiffusion3模型。这是一个能预测任意生物分子复合物结构的强大网络。RFdiffusion3对所有聚合物原子进行显式建模，在酶设计等复杂任务中根据原子层面约束条件进行条件化设计，因此相较以往方法更为简洁高效。在模型规模上，RFdiffusion3拥有1.68亿的可训练参数，还不到AlphaFold3（约3.5亿）的一半。在多项计算机模拟测试中，RFdiffusion3仅用十分之一的计算成本，就实现了超越以往方法的性能表现，展现了卓越的效率。

信息来源：

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.09.18.676967v2

https://www.nature.com/articles/s41586-025-09746-w

https://mp.weixin.qq.com/s/_nENVAEZ7SaugeZ9mNxtrw