科研信息化

以色列利用网格计算辅助遗传疾病诊断

日期:2013-04-16

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了解、治疗和最终防止遗传疾病发生的关键是要破译DNA序列,鉴定和绘制出致病的突变基因序列。为创建非致病性基因变异数据库,以色列科研人员利用人类基因组比对被检测基因的高通量测序结果,同时结合其他方面数据的分析,最终得出诊断结果。

一般情况下,DNA测序过程大约需要一台标准四核计算机运算数天,但通过网格可以将其分割成许多并行线程,最多12小时就能完成。高通量测序技术可平行测定多组DNA序列,而网格可使这种分析并行运行,而非完成一组再进行下一组。同时其他大数据操作,如排序、与用于注释和筛选的大数据文件比较等也可分成几个小步骤并行运行,可节约成倍时间。到目前为止,研究人员已在每项网格工作上都运用了近60个计算核心,合计共10万个CPU小时。

来源:国际科学网格周刊网站


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