美国冷泉港实验室的研究人员开发出的一种计算工具——SQUID，旨在解释人工智能（AI）模型分析基因组的过程，“撬开”AI模糊的内部逻辑“黑匣子”，帮助推动基因组研究领域的新发现向临床医疗应用转化。相关研究成果于2024年6月21日发表在《自然·机器智能》期刊上。

SQUID全称是“深度网络替代定量可解释性”，其原理是首先生成一个包含10万多个变异DNA序列的数据库，然后用一个名为变异效应神经网络多重分析（MAVE-NN）的程序来分析数据库中的突变及其影响。该工具让科学家能同时进行数千个虚拟实验，最终“钓出”预测最准确的AI算法。尽管计算机虚拟实验无法替代真实的实验室操作，但它们可以提供丰富的信息，帮助科学家理解基因组特定区域如何运作，以及突变会产生什么影响。AI领域的模型数量巨大，研究人员希望SQUID能帮助科学家找到最符合他们需求的模型。

研究人员解释，SQUID能发挥作用的关键原因在于“训练”，通过“训练”，利用数十年的定量遗传学知识来帮助人们理解这些深度神经网络正在学习什么。

信息来源：

https://www.cshl.edu/squid-pries-open-ai-black-box/

https://www.nature.com/articles/s42256-024-00851-5

http://digitalpaper.stdaily.com/http_www.kjrb.com/kjrb/html/2024-06/27/content_573726.htm?div=-1