德国马克斯·德尔布吕克分子医学中心的尼古拉斯·拉杰斯基实验室团队开发了一种新型的空间转录组学平台Open-ST，该平台能以3D方式重建组织细胞内的基因表达，并以亚细胞级别的精度绘制组织样本的分子图谱。该平台有助于推动癌症以及多种类型组织和生物体的研究。相关研究成果于2024年6月24日发表在《细胞》期刊上。

Open-ST平台能同时捕捉样本的组织形态和空间转录组学信息，将2D图像重建为3D虚拟立体组织。该平台绘制的3D图像能突出显示3D肿瘤或淋巴结边界处的潜在生物标记，这些在2D分析中不可见的标记可能成为新的药物靶点。此外，Open-ST平台的高精度使得研究人员能在3D图像中定位任何位置，分析单个细胞的分子机制以及健康细胞与癌细胞之间的边界，为理解癌细胞与周围环境的互动提供了新的视角。

在头颈癌患者样本的实验中，Open-ST平台成功识别了健康和转移淋巴结中免疫、间质和肿瘤细胞群的多样性特征，并揭示了原发肿瘤内通讯热点的细胞群组织，以及这些组织在转移瘤中的破坏情况。

目前，研究人员已经将实验和计算工作流程免费开放，以促进该技术的广泛使用和进一步的科研探索。

信息来源：

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00636-6