DeepMind与同构实验室（Isomorphic Labs）发布AlphaFold3，可预测蛋白质、DNA、RNA、小分子等的几乎所有生物分子结构和相互作用。与现有的预测方法相比，AlphaFold3至少有50%的改进，对于一些重要的相互作用类别，预测精度提高了一倍。这对于推进药物研发具有重大价值。相关研究成果于2024年5月8日发布在《自然》期刊上。

2020年发布的AlphaFold2从本质上解决了从氨基酸结构预测蛋白质三维结构的问题。AlphaFold3在AlphaFold2的基础上，引入了扩散模型，可直接预测原子坐标，消除立体化学损失，并在网络中减少对键合模式的特殊处理，从而轻松适应任意化学成分。

AlphaFold3的另一重大改进是能为其预测提供置信度分数，这有助于研究人员确定可重点关注哪些预测，并进行进一步的实验验证。

据DeepMind称，其药物发现子公司同构实验室已在使用该模型来进行药物研发，并与制药公司合作，尝试开发新的疾病治疗方法。

目前，AlphaFold3向科学界免费开放了AlphaFold Server，其中包含了AlphaFold3的大部分功能，供科学家进行结构预测，但目前没有计划发布完整代码。与此同时，科学家使用这个模块是有限制的，每天只能使用AlphaFold3进行10次预测，且无法获得可能与药物结合的蛋白质结构。

信息来源：

https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w

https://mp.weixin.qq.com/s/QY6CjfuhHwFu1OZV4SqvGg