创新与应用案例

香港中文大学利用深度学习分析细胞类型特异性基因

日期:2022-12-19

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   我国香港中文大学的研究人员提出了一种连接批量RNA-seq和单细胞RNA-seq的深度学习方法(TAPE),可在短时间内实现精确的反卷积。通过构建可解释的解码器并在独特的方案下进行训练,TAPE可自适应地预测细胞类型分数和细胞类型特异性基因表达组织。相关研究成果于118日发表在《自 通讯》上。

TAPE使用编码器学习更高阶的潜在表示,利用解码器在自编码器的框架下实现输出的可解释性,并引入了一种名为自适应训练的新训练方案,以自适应地优化GEP组织。TAPE在细胞类型水平上具有较好的整体性能和相当的准确性,在对大量样本进行反卷积时可超快速推理TAPE与以前方法的主要区别:

1)高度准确和敏感的反卷积,以捕捉临床数据的生物学显著变化。

2)组织适应性细胞类型特异性基因表达谱预测,以识别细胞类型水平的潜在基因表达差异。

TAPE代表了一个广泛适用的框架,用于在细胞类型水平上破译组织的异质性,并为有监督的自动编码器执行域适应提供了一种实用的训练方案,将有助于研究单细胞数据与丰富的批量数据之间的联系。

信息来源:

https://www.nature.com/articles/s41467-022-34550-9

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