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蛋白质结构预测AI工具RoseTTAFold、AlphaFold2开源

日期:2021-09-01

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2021715日,两大科学顶刊《科学》和《自然》同时发文,两支研究团队都表示可以通过人工智能(AI)模型预测蛋白质和一些分子复合物的精确3D原子结构。华盛顿大学团队在《科学》上公布了RoseTTAFoldDeepMind团队也在《自然》上首次公布了AlphaFold2的详细信息。

华盛顿大学医学院生物化学系教授、蛋白质设计研究所所长大卫 贝克(David Baker)领导的计算生物学家团队开发的RoseTTAFold深度学习工具,基于AlphaFold2,能够根据有限的信息快速准确地预测出目标蛋白质的结构,不仅可以预测单个蛋白质的三维结构,还可以预测几种蛋白质的结合形式。虽未完全达到AlphaFold2的预测准确度,其预测效果也很优秀,AlphaFold2RoseTTAFoldCASP14的成绩分别是90.373.2。不仅如此,RoseTTAFold所需的计算耗能与计算时间均比AlphaFold2要低,只需要一块RTX2080显卡,在短短十分钟内就能计算出400个氨基酸残基以内的蛋白质结构。且RoseTTAFold的代码和服务器完全开源。

信息来源:

https://mp.weixin.qq.com/s/OWTFRcf0Y6EDb0PTUhrnSg

https://mp.weixin.qq.com/s/jLtxHvF5j7Nq0ztS2N35SA

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