中国科学院水生生物研究所领衔开发的系统发育分析平台PhyloSuite的相关论文“PhyloSuite: an integrated and scalable desktop platform for streamlined molecular sequence data management and evolutionary phylogenetics studies”在分子与演化生态学综合期刊《分子生态资源（Molecular Ecology Resources）》发表。

水生所王桂堂研究员团队经过三年的努力，与福建农林大学高芳銮副研究员合作开发了一个操作简单、界面直观友好、无需编程基础、自动化输入输出的系统发育分析平台PhyloSuite。该平台的主要特色包括：①支持Windows、Linux和MAC OSX三大操作系统跨平台运行；②灵活的序列提取功能，包括提取线粒体基因组、叶绿体基因组、核糖体rDNA基因（18S/28S）等，并且支持自定义提取；③整合了当下最流行、最常用的系统发育分析软件（如MAFFT、MACSE、HmmCleaner、PartitionFinder2、IQ-TREE和MrBayes等），并赋予它们批量、多核运行功能，大幅提高系统发育分析效率；④联合上下游分析软件，自动整理输入和输出文件；⑤流程化系统发育分析，只需输入文件并配置好参数，即可一键完成系统发育分析；⑥结合iTOL快速完成系统发育树美化；⑦支持大尺度范围内细胞器基因组的荟萃分析（meta-analysis）；⑧NCBI氨基酸（Protein）和核苷酸（Nucleotide）数据库检索功能，方便获取相关的基因数据。

　　来源：中科院水生生物研究所官网