北京市农林科学院杨效曾研究员课题组与北京大学生命科学院合作,通过对88种覆盖了从低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA数据的深度挖掘,对这些植物中的miRNA进行系统鉴定、注释和分析,构建了迄今为止世界上最为综合全面的植物miRNA数据库——PmiREN。该研究成果于10月1日被生命学科领域数据库顶级期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)接收。
据了解,植物miRNA综合数据库——PmiREN有几大突出特点:一是拥有完整的miRNA信息,涵盖了从水生植物到被子植物共88个物种;二是首次发现了大量作物中特异的miRNA,新构建的数据库中第一次发现的miRNA达16000个,其中不少是主要作物如玉米、水稻、小麦等中第一次发现的,这些小RNA潜在与重要的农艺性状相关,挖掘这些小RNA的功能,对改良作物农艺性状将具有重要的应用价值;三是通过综合的数据挖掘,获得了大量miRNA相关的信息,包括miRNA基因簇信息、表达信息、共线性分析结果、靶基因预测结果等,并进行了全面、详实、直观的信息呈现;四是提供了多种数据库检索和搜索的方式,同时用户可以方便地下载数据库中所有的数据。
PmiREN数据库上线后,得到了国内外该研究领域的广泛关注,短短3个月,就接收了全球范围内超过20个国家150多个地区的访问,访问量超过56000次。
来源:《科技日报》